Les principaux aéroports de Soudan du Sud sont : Juba International Airport (JUB), Malakal International Airport (MAK), Wau Airport (WUU). Au total, Soudan du Sud compte 89 aéroports et 2 héliports (CIA World Factbook). Le dossier transport complet — ports, voies ferrées, pipelines — est sur sa fiche pays du Factbook Magna ci-dessous.
| Aéroport — ville | IATA |
|---|---|
| <strong>Juba International Airport</strong> — Juba | JUB |
| <strong>Malakal International Airport</strong> — Malakal | MAK |
| <strong>Wau Airport</strong> — Wau | WUU |